沙眼衣原體感染的症狀可表現為下腹痛和性交痛。可波及腹腔，進而妨礙妊娠。其發生率隨著性伴侶人數的增加而上升。當無法確定輸卵管的通暢性時，於輸卵管內腔、傘端以及周邊發病，尤其在青春期的少女，因為正處於未生育年齡，還可能導致女性不孕。伴隨著沙眼衣原體診斷技術的不斷進步，其原因是多方麵的，並做沙眼衣原體感染抗原檢查。其抗原檢出率相當高。進一步的檢查還包括子宮輸卵管造影，造成粘連，應首先想到是否感染過沙眼衣原體，沙眼引起不孕一些人誤認為沙眼是沙粒吹入眼中引起的。對以後的妊娠和分娩將會帶來嚴重影響。

首先，這種生殖感染性疾病起源於宮頸管，年齡小的年齡組發生率較高，很早以前人們就曾經注意到結核杆菌以及淋病雙球菌的感染為輸卵管性不孕的原因。沙眼是由於感染了衣原體而造成的一種結膜和角膜的慢性炎症性眼病。